Dataset Previews
First, initialize by adding tools and declare floating type
using GriddingMachine
using PkgUtility
using Plots
using Plots.PlotMeasures
ENV["GKSwstype"]="100";
FT = Float32;
# use this to fix the problem in generated preview.jl file
F1 = joinpath(@__DIR__, "../../Artifacts.toml");
F2 = joinpath(@__DIR__, "../../../Artifacts.toml");
GRIDDINGMACHINE_ARTIFACTS = (isfile(F1) ? F1 : F2);
predownload_artifact.(["CH_20X_1Y_V1",
"CI_12X_1Y_V1",
"CI_PFT_2X_1Y_V1",
"GPP_MPI_2X_1M_2005_V1",
"GPP_VPM_5X_8D_2005_V1",
"LAI_4X_1M_V1",
"LM_ERA5_4X_1Y_V1",
"LNC_2X_1Y_V1",
"LNC_2X_1Y_V2",
"LPC_2X_1Y_V1",
"NDVI_AVHRR_20X_1M_2018_V1",
"NIRO_AVHRR_20X_1M_2018_V1",
"NIRV_AVHRR_20X_1M_2018_V1",
"SIF740_TROPOMI_1X_1M_2018_V1",
"SLA_2X_1Y_V1",
"SLA_2X_1Y_V2",
"TD_12X_1Y_V1",
"VMAX_CICA_2X_1Y_V1",
"WD_2X_1Y_V1",
"NPP_MODIS_1X_1Y"],
GRIDDINGMACHINE_ARTIFACTS);#=#=# ##O#- # ##O=# # #=#=-# # -#O#- # # 0.4% # 1.7% ##### 7.3% #################### 29.1% ######################################################################## 100.0% #=#=# ##O#- # ##O=# # #=#=-# # -#O#- # # 0.5% ##### 7.5% ############# 18.1% ################################################ 66.9% ######################################################################## 100.0% #=#=# ##O#- # ##O=# # #=#=-# # # 2.0% ####### 10.9% ################ 23.4% ##################################################### 74.3% ######################################################################## 100.0% #=#=# ##O#- # ##O=# # #=#=-# # 0.0% 0.7% # 1.7% #### 6.8% ################## 25.5% ######################################################### 79.9% ######################################################################## 100.0% #=#=# ##O#- # ##O=# # #=#=-# # 0.1% 0.2% 0.9% ## 3.4% ######### 13.0% ########################## 36.3% ######################################### 57.1% ######################################################## 78.0% ####################################################################### 99.5% ######################################################################## 100.0% #=#=# ##O#- # ##O=# # #=#=-# # -#O#- # # 0.2% 0.8% ## 3.5% ########## 14.1% ####################################### 54.8% ######################################################################## 100.0% #=#=# ##O#- # ##O=# # #=#=-# # ## 3.0% ########## 14.2% ################################### 48.6% ######################################################################## 100.0% #=#=# ##O#- # ##O=# # #=#=-# # ## 3.7% ########## 14.0% ################################### 49.1% ######################################################################## 100.0% #=#=# ##O#- # ##O=# # #=#=-# # # 1.7% ######## 11.9% ########################## 36.2% ######################################################################## 100.0% #=#=# ##O#- # ##O=# # #=#=-# # # 2.5% ############## 20.3% ############################## 42.8% ######################################################################## 100.0% #=#=# ##O#- # ##O=# # #=#=-# # 0.0% 0.0% 0.1% 0.3% 1.2% ### 4.4% ##### 8.2% ######## 12.0% ########### 15.8% ############## 19.6% ################ 23.4% ################### 27.3% ###################### 31.1% ######################### 34.8% ########################### 38.6% ############################## 42.4% ################################# 46.2% ################################### 50.0% ###################################### 53.8% ######################################### 57.6% ############################################ 61.4% ############################################## 65.2% ################################################# 68.9% #################################################### 72.8% ####################################################### 76.5% ######################################################### 80.4% ############################################################ 84.2% ############################################################### 87.9% ################################################################## 91.8% #################################################################### 95.6% ####################################################################### 99.4% ######################################################################## 100.0% #=#=# ##O#- # ##O=# # #=#=-# # 0.0% 0.0% 0.1% 0.4% # 1.6% ### 5.1% ###### 8.8% ######## 12.4% ########### 15.9% ############# 19.3% ################ 22.8% ################## 26.3% ##################### 29.7% ####################### 33.1% ########################## 36.5% ############################ 40.0% ############################### 43.4% ################################# 46.9% #################################### 50.3% ###################################### 53.7% ######################################### 57.1% ########################################### 60.5% ############################################## 64.0% ################################################ 67.4% ################################################## 70.8% ##################################################### 74.3% ######################################################## 77.9% ########################################################## 81.3% ############################################################# 84.8% ############################################################### 88.2% ################################################################# 91.6% #################################################################### 95.1% ###################################################################### 98.5% ######################################################################## 100.0% #=#=# ##O#- # ##O=# # #=#=-# # 0.0% 0.0% 0.1% 0.5% # 2.1% #### 6.3% ####### 10.3% ########## 14.1% ############ 17.7% ############### 21.5% ################## 25.3% #################### 29.1% ####################### 32.9% ########################## 36.7% ############################# 40.5% ############################### 44.2% ################################## 48.0% ##################################### 51.8% ######################################## 55.6% ########################################## 59.4% ############################################# 63.1% ################################################ 66.9% ################################################## 70.7% ##################################################### 74.6% ######################################################## 78.4% ########################################################### 82.2% ############################################################# 85.9% ################################################################ 89.7% ################################################################### 93.5% ###################################################################### 97.2% ######################################################################## 100.0% #=#=# ##O#- # ##O=# # #=#=-# # 0.2% # 1.5% # 2.6% ##### 7.4% ################### 27.5% ######################################################################## 100.0% #=#=# ##O#- # ##O=# # #=#=-# # ## 3.6% ########### 16.2% ###################################### 53.2% ######################################################################## 100.0% #=#=# ##O#- # ##O=# # #=#=-# # # 2.7% ######### 13.2% ########################## 36.6% ######################################################################## 100.0% #=#=# ##O#- # ##O=# # #=#=-# # 0.3% 1.0% ## 3.9% ########## 15.1% ######################################### 57.7% ######################################################################## 100.0% #=#=# ##O#- # ##O=# # #=#=-# # ##### 7.2% ####################### 32.3% ######################################################################## 100.0% #=#=# ##O#- # ##O=# # #=#=-# # # 2.8% ######### 13.8% ############################## 41.7% ######################################################################## 100.0% #=#=# ##O#- # ##O=# # #=#=-# # -#O#- # # ###################### 30.9% ######################################################################## 100.0%
Then, define a function to plot the dataset
function preview_data(ds::GriddedDataset{FT}, ind::Int)
# preview data
return heatmap(view(ds.data,:,:,ind)',
origin="lower",
aspect_ratio=1,
xticks=[],
yticks=[],
c=:viridis,
size=(700,300),
framestyle=:none)
end
function preview_data(ds::GriddedDataset{FT}, ind::Int, clim::Tuple)
# preview data
return heatmap(view(ds.data,:,:,ind)',
origin="lower",
aspect_ratio=1,
xticks=[],
yticks=[],
c=:viridis,
clim=clim,
size=(700,300),
framestyle=:none)
endpreview_data (generic function with 2 methods)
Leaf level datasets
Leaf nitrogen content
LNC_LUT = load_LUT(LeafNitrogenButler{FT}());
mask_LUT!(LNC_LUT, FT[0,Inf]);
LNC_LUT = regrid_LUT(LNC_LUT, Int(size(LNC_LUT.data,2)/180));
preview_data(LNC_LUT, 1)
LNC_LUT = load_LUT(LeafNitrogenBoonman{FT}());
mask_LUT!(LNC_LUT, FT[0,Inf]);
LNC_LUT = regrid_LUT(LNC_LUT, Int(size(LNC_LUT.data,2)/180));
preview_data(LNC_LUT, 1)
Leaf phosphorus content
LPC_LUT = load_LUT(LeafPhosphorus{FT}());
mask_LUT!(LPC_LUT, FT[0,Inf]);
LPC_LUT = regrid_LUT(LPC_LUT, Int(size(LPC_LUT.data,2)/180));
preview_data(LPC_LUT, 1)
Specific leaf area
SLA_LUT = load_LUT(LeafSLAButler{FT}());
mask_LUT!(SLA_LUT, FT[0,Inf]);
SLA_LUT = regrid_LUT(SLA_LUT, Int(size(SLA_LUT.data,2)/180));
preview_data(SLA_LUT, 1)
SLA_LUT = load_LUT(LeafSLABoonman{FT}());
mask_LUT!(SLA_LUT, FT[0,Inf]);
SLA_LUT = regrid_LUT(SLA_LUT, Int(size(SLA_LUT.data,2)/180));
preview_data(SLA_LUT, 1)
Vcmax
VCM_LUT = load_LUT(VcmaxOptimalCiCa{FT}());
mask_LUT!(VCM_LUT, FT[0,Inf]);
VCM_LUT = regrid_LUT(VCM_LUT, Int(size(VCM_LUT.data,2)/180));
preview_data(VCM_LUT, 1)
Stand level datasets
Canopy height
CHT_LUT = load_LUT(CanopyHeightGLAS{FT}());
mask_LUT!(CHT_LUT, FT[0,Inf]);
CHT_LUT = regrid_LUT(CHT_LUT, Int(size(CHT_LUT.data,2)/180));
preview_data(CHT_LUT, 1)
CHT_LUT = load_LUT(CanopyHeightBoonman{FT}());
mask_LUT!(CHT_LUT, FT[0,Inf]);
CHT_LUT = regrid_LUT(CHT_LUT, Int(size(CHT_LUT.data,2)/180));
preview_data(CHT_LUT, 1)
Clumping index
# global clumping index
CLI_LUT = load_LUT(ClumpingIndexMODIS{FT}(), "12X", "1Y");
mask_LUT!(CLI_LUT, FT[0,1]);
CLI_LUT = regrid_LUT(CLI_LUT, Int(size(CLI_LUT.data,2)/180));
preview_data(CLI_LUT, 1, (0.4,1))
# global clumping index per PFT
CLI_LUT = load_LUT(ClumpingIndexPFT{FT}());
mask_LUT!(CLI_LUT, FT[0,1]);
CLI_LUT = regrid_LUT(CLI_LUT, Int(size(CLI_LUT.data,2)/180));
anim = @animate for i ∈ 1:size(CLI_LUT.data,3)
preview_data(CLI_LUT, i, (0.4,1));
end
gif(anim, fps=1)Gross primary productivity
# GPP MPI
GPP_LUT = load_LUT(GPPMPIv006{FT}(), 2005, "2X", "8D");
GPP_LUT = regrid_LUT(GPP_LUT, Int(size(GPP_LUT.data,2)/180));
mask_LUT!(GPP_LUT, FT[-100,Inf]);
anim = @animate for i ∈ 1:46
preview_data(GPP_LUT, i, (0,10));
end
gif(anim, fps=5)# GPP VPM
GPP_LUT = load_LUT(GPPVPMv20{FT}(), 2005, "5X", "8D");
GPP_LUT = regrid_LUT(GPP_LUT, Int(size(GPP_LUT.data,2)/180));
mask_LUT!(GPP_LUT, FT[-100,Inf]);
anim = @animate for i ∈ 1:46
preview_data(GPP_LUT, i, (0,10));
end
gif(anim, fps=5)Leaf area index
LAI_LUT = load_LUT(LAIMonthlyMean{FT}());
LAI_LUT = regrid_LUT(LAI_LUT, Int(size(LAI_LUT.data,2)/180));
anim = @animate for i ∈ 1:size(LAI_LUT.data,3)
preview_data(LAI_LUT, i, (0,6));
end
gif(anim, fps=1)Normalized difference vegetation index
NDV_LUT = load_LUT(NDVIAvhrr{FT}(), 2018, "20X", "1M");
NDV_LUT = regrid_LUT(NDV_LUT, Int(size(NDV_LUT.data,2)/180));
anim = @animate for i ∈ 1:size(NDV_LUT.data,3)
preview_data(NDV_LUT, i, (0,1));
end
gif(anim, fps=1)Near infrared reflectance of vegetation
NIV_LUT = load_LUT(NIRvAvhrr{FT}(), 2018, "20X", "1M");
NIV_LUT = regrid_LUT(NIV_LUT, Int(size(NIV_LUT.data,2)/180));
anim = @animate for i ∈ 1:size(NIV_LUT.data,3)
preview_data(NIV_LUT, i, (0,1));
end
gif(anim, fps=1)Near infrared reflectance of vegetation with offset
NIO_LUT = load_LUT(NIRoAvhrr{FT}(), 2018, "20X", "1M");
NIO_LUT = regrid_LUT(NIO_LUT, Int(size(NIO_LUT.data,2)/180));
anim = @animate for i ∈ 1:size(NIO_LUT.data,3)
preview_data(NIO_LUT, i, (0,1));
end
gif(anim, fps=1)Net primary productivity
NPP_LUT = load_LUT(NPPModis{FT}());
mask_LUT!(NPP_LUT, FT[-Inf,1e19]);
NPP_LUT = regrid_LUT(NPP_LUT, Int(size(NPP_LUT.data,2)/180));
NPP_LUT.data .*= 1e9;
preview_data(NPP_LUT, 1)
Sun induced fluorescence
SIF_LUT = load_LUT(SIFTropomi740{FT}(), 2018, "1X", "1M");
mask_LUT!(SIF_LUT, FT[-100,100]);
anim = @animate for i ∈ 1:12
preview_data(SIF_LUT, i, (0,3.5));
end
gif(anim, fps=3)Tree density
TDT_LUT = load_LUT(TreeDensity{FT}(), "12X", "1Y");
mask_LUT!(TDT_LUT, FT[0,Inf]);
TDT_LUT = regrid_LUT(TDT_LUT, Int(size(TDT_LUT.data,2)/180));
preview_data(TDT_LUT, 1, (0, 150000))
Wood density
TDT_LUT = load_LUT(WoodDensity{FT}());
mask_LUT!(TDT_LUT, FT[0,Inf]);
TDT_LUT = regrid_LUT(TDT_LUT, Int(size(TDT_LUT.data,2)/180));
preview_data(TDT_LUT, 1)
Land surface
Land mask
LMK_LUT = load_LUT(LandMaskERA5{FT}());
LMK_LUT = regrid_LUT(LMK_LUT, Int(size(LMK_LUT.data,2)/180));
preview_data(LMK_LUT, 1)
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